ปัญหาความขัดแย้งทางด้านศาสนาในอาเซียน เป็นปัญหาที่มีมาก่อนที่จะจัดตั้งสมาคมอาเซียนเสียอีก เป็นปัญหาที่มีความยืดเยื้อยาวนาน ทวีคูณความรุนแรงขึ้นเรื่อยๆ โดยรัฐบาลก็ไม่สามารถเข้าไปจัดการกับปัญหาดังกล่าวอย่างถาวรได้ อีกทั้งไม่อาจทราบด้วยว่าแท้จริงแล้วต้นสายปลายเหตุของปัญหามาจากอะไรกันแน่
ปัญหาความขัดแย้งทางศาสนาในอาเซียนที่เรียกได้ว่ารุนแรงมากที่สุด คงต้องยกให้กับปัญหาความขัดแย้งทางศาสนาและชาติพันธุ์ในประเทศพม่า เป็นความขัดแย้งที่เกิดขึ้นระหว่างชาวพุทธในประเทศพม่าและชาวมุสลิมในประเทศพม่า ซึ่งมีความรุนแรงถึงชีวิต ส่งผลให้มีผู้เสียชีวิตนับร้อย มีผู้พลัดถิ่นอีกเป็นจำนวนไม่น้อย ถึงแม้ว่าปัจจุบันสถานการณ์จะทุเลาลง แต่ปัญหาก็ไม่ได้รับการเยียวยาอย่างแท้จริง ยังคงมีบาดแผลฝังลึกอยู่ภายในใจของประชาชนแต่ละฝ่าย อีกทั้งยังมีแนวโน้มที่จะเกิดปัญหารุนแรงขึ้นในอนาคตอีกด้วย
ปัญหาความขัดแย้งทางศาสนาในประเทศอินโดนีเซีย เริ่มจากการที่โบสถ์คริสต์ 3 แห่งในเกาะสุลาเวสี ของอินโดนีเซียถูกปาด้วยระเบิดเพลิง ทำให้ทางการอินโดนีเซียได้ออกมาระงับการดำเนินการของโบสถ์หลายแห่งชั่วคราว เพื่อลดเงื่อนไขในการใช้ความรุนแรงต่อโบสถ์คริสต์ ส่งผลให้ชาวคริสต์ออกมาประท้วงเรียกร้องสิทธิ์ต่อรัฐบาล จนต้องมีการอนุญาตให้เปิดใช้งานโบสถ์คริสต์ได้ตามปกติ แม้ว่าสถานการณ์จะไม่ได้รุนแรงถึงขั้นมีการเสียชีวิตหลายร้อยราย แต่ก็นับว่าเป็นการแสดงให้เห็นถึงความขัดแย้งภายในใจเกี่ยวกับเรื่องของศาสนา ที่ไม่รู้ว่าเมื่อไหร่ความขัดแย้งดังกล่าวจะมีการประทุขึ้นมาอีก
ปัญหาความขัดแย้งทางศาสนาในประเทศฟิลิปปินส์และประเทศมาเลเซีย เหตุการณ์นี้เริ่มจากกองกำลังในนามของสุลต่านซูลูคิรามที่ 3 จากเกาะซูลูของฟิลิปปินส์บุกยึดเมืองลาหัต ดาตู ในรัฐซาบาห์ของมาเลเซีย เหตุการณ์บานปลายทำให้มีผู้เสียชีวิตมากถึง 70 คน และสิ้นสุดลงจากการที่มาเลเซียใช้กองกำลังเข้าปราบปรามการลุกลามของฟิลิปปินส์ เหตุการณ์ดังกล่าวนี้ส่งผลให้รัฐบาลของทั้งสองประเทศถูกประณามเป็นอย่างมาก
ปัญหาความรุนแรงในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ประเทศไทย ที่มีความยืดเยื้อยาวนานมากว่า 10 ปี เป็นปัญหาความขัดแย้งทางด้านศาสนาที่ยังไม่มีรัฐบาลชุดไหนเข้ามาแก้ไขปัญหานี้ได้เสียที แม้ว่าจะมีความสงบอยู่บ้างในช่วงนี้ แต่สถานการณ์ก็พร้อมจะปะทุขึ้นทุกเมื่อ โดยไม่รู้เมื่อใด ทำให้ปัญหาสามจังหวัดชายแดนภาคใต้นั้นเรียกได้ว่าค่อนข้างวิกฤตเลยทีเดียว
จากการยกตัวอย่างความรุนแรงจากความขัดแย้งในเรื่องของศาสนาแต่ละประเทศนั้น จะเห็นได้ชัดเลยว่าอาเซียนแทบไม่มีบทบาทในการเข้ามายับยั้ง หรือช่วยยุติปัญหาต่างๆ ที่เกิดขึ้นนี้ได้เลย ซึ่งอาจเป็นเพราะกฎในการไม่เข้าไปแทรกแซงกิจการภายในประเทศของประเทศสมาชิกก็เป็นได้ ทำให้อาเซียนเพิกเฉยต่อเหตุการณ์ต่างๆ เหล่านี้ เพื่อความสบายใจของประเทศสมาชิก จนถูกมองว่าอาเซียนนั้นเย็นชาต่อผู้ถูกกระทำมากเกินไป และได้รับการประณามในที่สุด
ซึ่งหากสมาคมอาเซียนยังไม่สามารถหาแนวทางในการแก้ไขปัญหาเหล่านี้ได้อย่างถาวร ปล่อยให้ปัญหาความรุนแรงจากความขัดแย้งทางด้านศาสนาเกิดขึ้นครั้งแล้วครั้งเล่า โดยที่ความรุนแรงนั้นทวีคูณขึ้นเรื่อยๆ ไม่มีการจัดการ หรือออกบทลงโทษต่อรัฐบาลของประเทศที่เป็นต้นเหตุของปัญหา ปัญหาเหล่านี้ก็จะเป็นตัวถ่วงการเจริญเติบโตของสมาคมอาเซียนในที่สุด อีกทั้งยังจะเป็นตัวถ่วงในด้านของความมั่นคง ด้านของเศรษฐกิจ ด้านของเสรีภาพในการดำเนินชีวิต ตลอดจนลดความหน้าเชื่อถือของสมาคมลงในที่สุด
ดังนั้นอาเซียนควรที่จะให้ความสำคัญกับปัญหาความขัดแย้งในด้านของศาสนาที่เกิดขึ้น ตระหนักถึงผลกระทบต่างๆ และหาแนวทางแก้ไข เพื่อไม่ให้ปัญหาดังกล่าวเกิดขึ้นอย่างซ้ำซ้อน โดยออกมาตรการในการลงโทษ รวมถึงการเข้าไประงับเหตุการณ์ไม่ให้บานปลายเหมือนในอดีตอีกด้วย